Wie kommst Du darauf, daß sich die Masse vermehrt? Auch die beschleunigte Ausdehnung widerspricht nicht der Energieerhaltung, dadurch nimmt lediglich die Energiedichte ab.
Du hast recht, daß dunkle Energie und dunkle Materie noch nicht verstanden sind, wir haben lediglich recht starke Hinweise auf deren Existenz, aber auch die Existenz dieser widerspricht zunächst mal nicht prinzipiell der Energieerhaltung.
An den Urknall kommen wir mit unseren bisherigen Theorien bis auf winzigste Sekundenbruchteile heran, für den letzten Schritt werden allerdings die Energiedichten so hoch, daß unsere jetzigen Theorien versagen. Dafür bräuchten wir die "große vereinheitlichte Theorie", die unsere jetzigen Theorien als Grenzfall kleinerer Energien enthalten muß. Genauso enthält z.B. die Relativitätstheorie die Newtonsche Mechanik als Grenzfall kleiner Geschwindigkeiten (verglichen mit der Lichtgeschwindigkeit).
Woher die Energie für den Urknall kam ist eher eine philosophische als eine physikalische Frage. Unsere Raumzeit entstand erst mit dem Urknall, von daher ist ein "vorher" ungefähr so als würdest Du fragen welche Richtung am Nordpol "Norden" ist. Dort ist *jede* Richtung Süden.
Es gibt allerdings im Rahmen der Quantenfeldtheorien durchaus kurzfristige Verletzungen der Energieerhaltung, z.B. bei der Paarerezeugung aus dem Nichts, den sog. Vakuumfluktuationen. Dort entstehen kurzfristig Teilchen-Antiteilchenpaare um sich unmittelbar danach wieder gegenseitig zu vernichten (und die "geliehene" Energie wider zurückzugeben). Um so ein "virtuelles" Päarchen reel zu machen, muß man allerdings von außen Energie hineinstecken. Langfristig stimmt also mit der Energieerhaltung wieder alles.
Wenn Du willst kannst Du Dir den Urknall also gerne als so eine Art "Vakuumfluktuation" vorstellen, wirklich wissen können wir das allerdings nie, da uns der Blick "hinter den Urknall" prinzipiell nicht möglich ist. Es gibt jedoch ein paar physikalisch Hypothesen, so kann man sich in der Quantum-Loop-Gravitation vorstellen, daß das Universum durch den Urknall "hindurchgeschwungen" ist, und sozusagen umgestülpt wieder herauskam. Man kann allerdings im Rahmen dieser Rechnungen zeigen, daß es keine "echten" Informationen durch den Urknall hindurchschaffen können, also dies auf ewig eine nicht experimentell überprüfbare Hypothese bleiben muß.
Tut mir leid, aber beim Urknall hört unsere Physik einfach auf.